Das SEM wurde 1958 unter Beteiligung der Philips-Gruppe von Eberhard Preußner ins Leben gerufen. Die erste Studiokomposition entstand für die Salzburger Festspiele – eine elektronische Theatermusik für das Stück „Hiob“. Komponisten wie Josef Maria Horváth und Andor Losonczy arbeiteten in den folgenden Jahren mit dem Studio zusammen. 1971 bemühte sich das Institut für Musikalische Grundlagenforschung um die professionelle Fortführung der Arbeit des Studios. Viele Originaltonbänder wurden jedoch in den 60er Jahren überspielt oder vernichtet.
Die Mitarbeiter des Studios orientierten sich bei ihrer Arbeit nunmehr an Pierre Schaeffer und seiner Groupe de recherches musicales. Werke die in dieser Zeit vor Ort komponiert wurden, kamen u. a. zur Aufführung bei den World New Music Days der Internationalen Gesellschaft für Neue Musik. Besonders active Komponisten waren zu dieser Zeit Klaus Ager, Dieter Lehnhoff, Werner Raditschnig und Martin Schwarzenländer. 1977 entstand im Umfeld von SEM das Musikfestival Aspekte Salzburg, zu dem Persönlichkeiten wie François Bayle, Luc Ferrari, Mauricio Kagel, Dieter Kaufmann, Bernard Parmegiani und Iannis Xenakis eingeladen wurden. Zu dieser Zeit wurde der Computer als wichtiges Produktionselement des Studios eingeführt. Das Stück Metaboles III von Klaus Ager wurde als erstes österreichisches Computermusikstück beim Festival Steirischer Herbst uraufgeführt. In Zusammenarbeit mit dem öenm (Österreichisches Ensemble für Neue Musik) entstand die Klanginstallation Klangmobile, die mehrfach realisiert und 1991 John Cage vorgestellt wurde.
Von 1979 bis 1996 leitete Werner Raditschnig ein Computermusikstudio in Salzburg kombiniert mit dem elektronischen Studio im Jahr 1996 von André Ruschkowski. 2006 übernahm Achim Bornhöft die Leitung des Studios. Im selben Jahr zog das Studio in die Räumlichkeiten der renovierten Universität Mozarteum Salzburg um. Seitdem bietet das SEM den Studenten ein breites Spektrum an Bildungsmöglichkeiten, von der Arbeit mit analogen Synthesizern über die Produktion akusmatischer Musik bis hin zu Live-Elektronik und computergestützter Komposition. Das SEM nahm mehrfach an Festivals wie next_generation im ZKM Karlsruhe und dem Festival On / Off in Limburg teil. In den letzten Jahren entwickelte sich eine enge Zusammenarbeit mit dem in Salzburg ansässigen New Art and Music Ensemble NAMES. Ferner wurde die Reihe Sweet Spot ins Leben gerufen, eine monatlich stattfindende Veranstaltung, bei der elektronische Musik präsentiert und diskutiert wird.
