In der musikwissenschaftlichen Lehre wird für Studierende aller musikalischer Studienrichtungen primär die europäische Musikgeschichte vom Mittelalter bis in die Neuzeit behandelt; dazu kommen Angebote in den Bereichen der europäischen Volksmusik, der außereuropäischen Musik und der Kirchenmusik sowie kulturwissenschaftliche Fragestellungen zur Musik.

In der Forschung zeigt sich ein weitreichendes Aufgabenfeld mit Schwerpunkten in der Musikgeschichte des 18.- 20. Jahrhunderts: rezeptionshistorische und analytisch-hermeneutische Aspekte, kultursoziologische und ästhetische Fragestellungen, Philologie, Popularmusik, Barockmusik, Wiener Klassik und Neue Musik des 20. Jahrhunderts. Weitere Schwerpunkte der Forschung sind die Volksmusik des alpinen Raumes und Fragen zur Musik als kulturelles Phänomen sowie das Institut für musikalische Rezeptions- und Interpretationsgeschichte.

In zahlreichen abteilungsübergreifenden Projekten sowie mit in- und ausländischen Kooperationspartnern werden unterschiedlichste Themenfelder berührt: Fragen der Rezeption, Abhandlungen zu Komponisten, Formen kultureller Wahrnehmung (europäische und amerikanische Musik im Vergleich) und vieles mehr.

Es werden regelmäßig mehrere Buchreihen betreut und herausgegeben: Varia Musicologica (Verlag Peter Lang Bern/Schweiz), Salzburger Beiträge zur Musikforschung (Verlag Peter Lang Bern/Schweiz), Interuniversitäre Schriften zur Musikpädagogik und Musikwissenschaft (Verlag Peter Lang Bern/Schweiz) sowie das Handbuch der Musikalischen Gattungen (Verlag Laaber Laaber/Deutschland).